تطوير وتأهيل كوادر علمية من خلال تقديم تعليم عالي متميز للطلبة الملتحقين بالبرنامج حيث يكسبهم المعارف العلمية اللازمة ومهارات التفكير العلمي المنظم . ولقد تم وضع فلسفة وأهداف البرنامج انطلاقا من فلسفة وأهداف الجامعة الرئيسية ومن خلال فلسفة وأهداف كلية العلوم، و يمكن صياغة أهداف البرنامج كما يلي :

تغطية حاجة المجتمع بالمختصين في مجال علوم البيئة.

المساهمة في حل المشاكل البيئة التي يعاني منها المجتمع.

إجراء الأبحاث و الدراسات البيئية التي تعنى بالمشاكل البيئية المختلفة.

التعرف على المصادر الطبيعية من خلال الأبحاث البيئية وطرق استغلالها.

ترشيد استخدام المصادر الطبيعية مع الأخذ في الاعتبار الأبعاد و المخاطر البيئية.

عقد دورات تدريبية في مجالات التحاليل البيئية و التقييم البيئي.

زيادة الوعي البيئي بين أبناء شعبنا عن طريق عقد ندوات و محاضرات عامة.

المشاركة في مشاريع إقليمية ودولية من شأنها أن تساهم بالمحافظة على البيئة على المستوى الإقليمي والعالمي.