تتمثل رسالة المركز في:

السعي لأن يكون لمركز الحساب العلمي دورًا فاعلًا ومؤثرًا في النهوض بالتنمية الشاملة والمستدامة للمجتمع، من خلال المشاركة بفعالية في الخدمات المجتمعية، والاندماج مع أطراف المجتمع لتعزيز المصلحة العامة، وإقامة المشروعات والفعاليات التي تخدم رؤية المركز وتساهم في تحقيق رؤية مصر 2030.